Muitinės laboratorija yra muitinės specialioji įstaiga. Svarbiausi laboratorijos uždaviniai yra:
• tirti prekių pavyzdžius ir mėginius, siekiant nustatyti prekių klasifikacijа pagal muitinės vartojamas nomenklatūras;
• identifikuoti narkotines, psichotropines, nuodingas, pavojingas medžiagas ir kitas draudžiamas arba ribojamas įvežti į Lietuvos Respublikа ir išvežti iš jos prekes.