1992 m. įkurtas Minske nedidelės grupės intelektualų, metusių iššūkį konservatyvioms sovietinės aukštosios mokyklos tradicijoms, universitetas iš romantiško eksperimento greitai virto vienu svarbiausių nacionalinių aukštojo išsilavinimo internacionalizacijos ir liberalizacijos lyderių Centrinėje ir Rytų Europoje.
2004 m. universitetas buvo priverstas nutraukti savo veiklą Baltarusijoje. Tačiau politinio, organizacinio ir finansinio Lietuvos Vyriausybės, Europos komisijos, kitų valstybių vyriausybių, visuomeninių JAV fondų ir organizacijų bei Europos šalių palaikymo dėka EHU atnaujino savo veiklą Lietuvoje ir nuo 2005 m. siūlo studentams iš Baltarusijos studijuoti bakalauro ir magistro pakopų studijų programose. 2006 m. vasario mėn. Lietuvos Vyriausybė suteikė EHU Lietuvos universiteto statusą.